第一研究所(水文水资源)

    甘肃省水利科学研究院第一研究所主要从事水资源规划与管理、开发与利用、保护治理、防洪减灾、节水灌溉、旱地农业高效用水技术以及水土保持、环境影响评价等研究工作。同时还开展农田水利、节水灌溉、农村供水、河道治理、灌区规划等中、小型水利工程的勘测设计工作。 现有技术人员14名，包括教授级高工2名，高级工程师4名，工程师5人，助理工程师3人，其中硕士研究生2人，本科生10人。 

第二研究所(工程水利)  

     甘肃省水利科学研究院第二研究所主要从事水利工程技术、病害检测与防治、水利工程建筑材料试验等方面的试验研究工作，并承担甘肃省水利水电工程质量检测中心工作职责。同时还开展水资源论证、河道治理等中小型水利工程的勘测设计。现有人员8名，其中高级工程师3名、工程师2名、助理工程师2名、技术员1名。              

第三研究所(雨水利用)  

    甘肃省水利科学研究院第三研究所成立于2004年，主要从事雨水利用技术研究与示范、节水灌溉技术示范与推广以及对外技术咨询与技术服务工作，并承担国际雨水利用技术培训中心工作职责。现有人员7名，其中高级工程师2名，工程师3名，助理工程师2名。

综合办公室  

     综合办公室是我院集党务、政务为一体的综合性管理科室，主要负责完成党务、政务、事务、纪检、人事、劳资、财务、科技档案、图书资料、保密、统计、安全生产、职工教育、后勤保障、老干部管理以及其它综合性事务，同时，还负责科研项目执行过程中各环节的管理工作。